Inició su carrera bancaria en 1987; ha sido Gerente General de entidades bancarias dedicadas al financiamiento de micro, pequeña y mediana empresa (ACORDE), a la banca de consumo (Grupo Financiero Centroamericano), y a la banca de comercio exterior (Banco Internacional de Costa Rica –BICSA-). También fue Gerente Regional para Centroamérica de banca de inversión y finanzas corporativas (BAC International Bank, Panamá).
En 1999 el señor Alfaro fue nombrado Superintendente General de Entidades Financieras por un término de cinco años. Fue Presidente del Consejo de Superintendentes de Bancos de Centroamérica, Panamá y Dominicana durante dos años; Vicepresidente de la Asociación de Supervisores Bancarios de América (ASBA) durante un año.
Durante el 2004 fue Gerente General de BICSA Costa Rica. Desde el año 2005 y hasta junio del 2018 fue Subgerente General del Banco Nacional de Costa Rica, en donde dirigió las Direcciones de Riesgos, Finanzas, Crédito, Cumplimiento, Control Interno, y Relaciones con Supervisores. En Junio del 2018 inició un nuevo periodo como Superintendente de Bancos.
Bernardo Alfaro es ingeniero civil, administrador de empresas y corredor de bolsa. Durante tres años fue Presidente de la Cámara de Bancos y Entidades Financieras de Costa Rica, y durante cinco años fue Fiscal de la Junta Directiva de la Asociación Bancaria Costarricense.